H θεραπεία της ημικρανίας περιλαμβάνει τη χορήγηση φαρμάκων τόσο για την αντιμετώπιση του ημικρανικού πόνου, όσο και για την πρόληψη ή τη μείωση της συχνότητας εμφάνισης των ημικρανιακών παροξυσμών. Σ' ένα μεγάλο ποσοστό ο ημικρανικός πόνος απαντά στο ακετυλοσαλικυλικό οξύ, που είναι περισσότερο αποτελεσματικό στην αρχή της ημικρανικής κρίσης. Tο ίδιο ισχύει και για τα άλλα συνήθη αναλγητικά (π.χ. παρακεταμόλη). Περισσότερο ενδεδειγμένη είναι η χορήγηση αναβραζόντων δισκίων, γιατί κατά τη διάρκεια της κρίσης της ημικρανίας μειώνεται ο περισταλτισμός στον γαστρεντερικό σωλήνα με συνέπεια να καθυστερεί η απορρόφηση των φαρμάκων. Η εργοταμίνη χορηγείται σε περιπτώσεις που δεν ανταποκρίνονται στα συνήθη αναλγητικά. Δρα στο μηχανισμό της ημικρανικής κρίσης, προκαλώντας αγγειοσύσπαση και αποτρέπει έτσι τον πόνο. Tα πρόδρομα όμως συμπτώματα της ημικρανίας, όπως π.χ. οι οπτικές διαταραχές και ο έμετος, δεν επηρεάζονται και μπορεί μάλιστα να επιδεινωθούν, γι αυτό μπορεί να χορηγηθεί ταυτόχρονα αντιεμετικό φάρμακο. H εργοταμίνη είναι αποτελεσματική όταν χορηγείται στη φάση των πρόδρομων συμπτωμάτων ή το αργότερο κατά την έναρξη του πόνου. H επαναλαμβανόμενη χορήγησή της μπορεί να προκαλέσει συμπτώματα εργοτισμού σε ορισμένους ασθενείς. H εργοταμίνη δεν πρέπει να χορηγείται περισσότερο από δύο φορές την εβδομάδα και δεν πρέπει ποτέ να χρησιμοποιείται για την προφυλακτική αντιμετώπιση της ημικρανίας. H διϋδροεργοταμίνη είναι πολύ λιγότερο δραστική από την εργοταμίνη, αλλά έχει πολύ λιγότερες ανεπιθύμητες ενέργειες. Aγχολυτικά φάρμακα, όπως η διαζεπάμη μπορούν να χορηγούνται ταυτόχρονα με τα αναλγητικά ή την εργοταμίνη για την μείωση της μυικής σύσπασης και του άγχους, που συχνά συνοδεύουν την ημικρανική κρίση. Έκλυση των κρίσεων ή αύξηση της συχνότητάς τους μπορεί να προκληθεί από τα αντισυλληπτικά. Τα τελευταία χρόνια έχουν εισαχθεί στη θεραπευτική οι διεγέρτες των υποδοχέων της 5-υδροξυτρυπταμίνης 1 (5ΗΤ1) με κύριο εκπρόσωπο την σουματριπτάνη (βλ. σχετικό λήμμα). Είναι αρκετά δραστικοί κατά τη διάρκεια της οξείας ημικρανικής κρίσεως και θα πρέπει να θεωρηθούν ως φάρμακα εκλογής για τις περιπτώσεις στις οποίες έχουν αποτύχει τα συνήθη αναλγητικά. Νεώτερα παράγωγα είναι η ναρατριπτάνη, η ζολμιτριπτάνη και η ριζατριπτάνη. H προφυλακτική θεραπεία της ημικρανίας εφαρμόζεται όταν οι κρίσεις είναι συχνές και είναι αποτελεσματική στο μεγαλύτερο ποσοστό των αρρώστων. Δεν συνιστάται προφυλακτική θεραπεία όταν οι κρίσεις εμφανίζονται μια φορά τον μήνα ή αραιότερα. Eπειδή η εμφάνιση των κρίσεων μπορεί να υποβοηθηθεί από ψυχολογικούς παράγοντες (άγχος, κατάθλιψη) μπορεί να χορηγηθεί αρχικά και για λίγες εβδομάδες ένα αγχολυτικό ή αντικαταθλιπτικό. Για την προφυλακτική θεραπεία μπορεί να χορηγηθεί πιζοτιφένιο ή προπρανολόλη. Tα φάρμακα αυτά είναι αποτελεσματικά στο 70% περίπου των αρρώστων. Έχει επίσης χρησιμοποιηθεί η διϋδροεργοταμίνη, αλλά με αμφίβολα αποτελέσματα.